自動車に備えなければならない方向指示器の個数は、道路運送車両の保安基準第41条及び細目告示第137条によって明確に定められています。基本的には、車両中心線上の前方及び後方30メートルの距離から照明部が見通せる位置に、左右1個ずつ備えることが義務付けられています。つまり一般的な自動車では、前面左右に各1個、後面左右に各1個の合計最低4個の方向指示器が必要です。
参考)https://www.mlit.go.jp/jidosha/kijyun/saimokukokuji/saikoku_137_00.pdf
ただし、最高速度20km/h未満の自動車で、かじ取ハンドルの中心から自動車の最外側までの距離が650mm未満であり、かつ運転者席が車室内にないものや被牽引自動車については、この基準の例外が認められています。また、方向指示器の個数に上限は設けられていないため、保安基準を満たす範囲内であれば追加で設置することも可能です。
参考)https://www.naltec.go.jp/publication/regulation/hbh5ss0000002mk7-att/gtg5d20000002ko1.pdf
近年では、ドアミラーに埋め込まれた補助方向指示器を備える車両が増えていますが、これについては別途規定があり、自動車の両側面には補助方向指示器を1個ずつまでしか備えることができません。つまり、ドアミラーに補助方向指示器がある車両に、さらにサイドマーカーランプを補助方向指示器として追加すると、保安基準違反となります。
参考)サイドマーカーランプとは?取付や注意点について解説 
方向指示器は、車両中心線を含む鉛直面に対して対称の位置に取り付けられなければなりません。ただし、方向指示器を取り付ける後写鏡等の部位が左右非対称の場合には、可能な限り対称の位置に取り付けることが求められます。また、車体の形状自体が左右対称でない自動車に備える方向指示器については、この対称性の要件が緩和されます。
参考)https://www.mlit.go.jp/jidosha/content/S296.pdf
取付位置の高さに関しては、方向指示器の照明部の上縁の高さが地上2.1メートル以下、下縁の高さが地上0.35メートル以上となるように取り付けることが定められています。前後の方向指示器における照明部の最内縁間の間隔は600ミリメートル以上必要です。さらに、照明部の最外縁は自動車の最外側から400ミリメートル以内に収める必要があります。
参考)車検時のウインカーの高さの基準は?大きさ(面積)や色、数につ…
補助方向指示器については、車両中心線を含む鉛直面に対して対称の位置に取り付けられることが原則ですが、補助方向指示器を取り付ける後写鏡等の部位が左右非対称の場合は、可能な限り対称の位置であれば問題ありません。側面方向指示器の場合は、照明部の上縁の高さが地上2.3メートル以下という基準があります。
参考)https://www.naltec.go.jp/publication/regulation/hbh5ss0000002mk7-att/gtg5d20000002koh.pdf
方向指示器の照明部の面積については、道路運送車両の保安基準により明確に定められています。一般的な乗用車の前後ウインカーとも、照明部の面積は20平方センチメートル以上必要です。これは、最小サイズで縦4センチ×横5センチや縦3センチ×横7センチ程度の大きさに相当します。大型車の場合は、さらに大きな面積基準が適用され、40平方センチメートル以上が必要となります。
参考)ウインカーをいじりたい人必見!車検に通らないウインカーとその…
ウインカーポジションと呼ばれる、ウインカーと車幅灯を一体化させた装置の場合は、平成18年1月1日以降に製造された自動車を対象として、大きさが15平方センチメートル以上という基準が設けられています。この装置の個数は左右対称に2個または4個と定められ、光源は15ワット以上30ワット以下、光度は300カンデラ以下という細かな規定があります。
参考)https://seibii.co.jp/blog/contents/shaken_blinker
照明部の間隔については、フロントウインカーの場合、左右照明部の最内縁において240ミリメートル以上の間隔が必要です。リアウインカーの場合は、発光面の中心において150ミリメートル以上の間隔が必要とされています。これらの基準を満たさない場合、車検に通らない可能性が高くなります。
参考)ウィンカーの保安基準とは?規定内の周期で点滅する橙色灯を車体…
方向指示器の点滅回数については、毎分60回以上120回以下の一定の周期で点滅することが保安基準で定められています。これを1秒あたりに換算すると、1秒間に1回以上2回以下の点滅となります。点滅のリズムが速すぎる、あるいは遅すぎると、後続車への意思伝達が乱れて安全性を損なうため、車検の合否判定に直結します。
参考)車検に通らないウインカーの色、数、点滅回数【保安基準6】 
連鎖式点灯をする方向指示器、いわゆるシーケンシャルウインカーの場合は、一つ以上の光源が点灯を開始した時点で点灯状態と判断され、対を成すものとの点灯の位相は対称でなければなりません。LEDの点灯は内側から外側に向かって点灯すること、または中心から放射状に広がって均一的かつ連続的に点灯することが求められます。全てのLEDは同時に消灯しなければならず、点滅周期や流れ方は左右対称である必要があります。
参考)シーケンシャルウインカー (サイドマーカー)後付け車検NG 
方向指示器の灯光の色については、橙色(オレンジ色)が基本です。白色や赤色は不適合となります。ただし、ウインカーポジションの場合は、白色または橙色(方向指示器、非常点滅表示灯又は側方灯と構造上一体となっている場合)が認められています。明るさについては、昼間において100メートル先から点灯を確認できることが求められ、光源の出力は15ワットから60ワットの範囲内である必要があります。
参考)車検の不合格原因TOP3|ウインカー点滅回数60〜120回の…
補助方向指示器は、側面方向指示器が備わっているうえで補助的に設けることができるウインカーのことを指します。道路運送車両の保安基準第41条の2には、「自動車の両側面には補助方向指示器を1個ずつ備えることができる」と明示されています。つまり、車両の各側面に設置できる補助方向指示器は1個までという厳格な制限があります。
参考)ドアミラーの流れるウインカーは車検NG?合格方法はあるのか 
最近の乗用車では、フロントドア前あたりに設置されていた従来のサイドマーカーランプは減少し、ほとんどの車がドアミラーに埋め込む形で補助方向指示器を取り付けています。このため、ドアミラーカバーに補助方向指示器が付いている車両に、さらにサイドマーカーランプを取り付けて補助方向指示器を2つにすることはできません。このような改造は保安基準違反となり、車検に通りません。
一方、全長6メートルを超える車両(トラックやトレーラー)や牽引車には、サイドマーカーランプの取り付けが義務付けられています。全長6メートル以下の車には付けてはいけないという記述はありませんが、補助方向指示器として機能させる場合は、上記の個数制限を遵守する必要があります。補助方向指示器には見通し要件がなく、点灯開始や消灯のタイミングは他のウインカーと合わせることが求められます。
方向指示器に関する車検不合格の事例は多岐にわたります。最も一般的なのは、ウインカーの不灯やレンズの割れといった物理的な不具合です。灯器が損傷し、またはレンズ面が著しく汚損している場合は、即座に車検不合格となります。また、LED化や球切れの兆候がある場合、ハイフラッシャー現象(高速点滅)が発生し、点滅回数が基準の毎分60回から120回の範囲を外れて不合格となるケースが多く見られます。
後付けのシーケンシャルウインカー、特にサイドマーカータイプは、LEDの点灯方向が保安基準に適合しない場合があります。LEDは内側から外側に向かって点灯する必要がありますが、車両前方から後方に流れるタイプは車検不適合となります。また、ドアミラーウインカーのシーケンシャルタイプも、検査場によっては不適合とされる可能性が高いとの指摘があります。
ウインカーポジションを設置する場合は、点灯時に方向指示の反対側のウインカーポジションを消灯しなければならないという規定があります。この制御がされていない場合、誤認を招くため車検に通りません。社外品の電球やウインカー本体に交換している場合は、取り付け位置や面積などの基準を満たしているか事前に確認することが重要です。接触不良や電圧低下で点滅が遅くなる場合もあり、点灯回路の抵抗・リレー・ソケット・アースのいずれかに問題があると規定外の回数へ逸脱しやすくなります。
国土交通省の方向指示器に関する保安基準の詳細(PDF)-方向指示器の灯光の色、明るさ、取付位置などの公式基準
独立行政法人自動車技術総合機構の審査事務規程(PDF)-方向指示器の照明部、個数、取付位置の測定方法

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